З метою встановлення фактичного стану справ і надання оцінки продуктивності, результативності та економності витрачання Мін’юстом коштів державного бюджету Рахунковою палатою проведено аудит ефективності використання коштів загального фонду державного бюджету, виділених упродовж 2017 — 9 місяців 2018 року на центральний апарат міністерства за бюджетною програмою «Керівництво та управління у сфері юстиції».

Аудит засвідчив, що на організацію роботи міністерства за цією бюджетною програмою у 2017 році виділено 2,9 млрд грн, у 2018 році — 4,1 млрд грн. На забезпечення діяльності центрального апарату протягом 2017 — 9 місяців 2018 року із загального фонду держбюджету виділено 1,3 млрд грн.
Бюджетна програма «Керівництво та управління у сфері юстиції» передбачає фінансування не лише функцій керівництва та управління, які виконує міністерство, а й 27 територіальних органів юстиції, шість міжрегіональних управлінь з питань виконання кримінальних покарань і пробації та адміністрації Державної кримінально-виконавчої служби України. Це унеможливлює здійснення належної оцінки ефективності виконання бюджетної програми в частині видатків загального фонду держбюджету на центральний апарат Мін’юсту.
Також зазначаємо, що до сфери управління Мін’юсту належить дев’ять науково-дослідних інститутів, 197 установ Державної кримінально-виконавчої служби України та 144 державні підприємства.
У 2017 році за бюджетною програмою «Керівництво та управління у сфері юстиції» залишки коштів, які були повернені до бюджету, становили понад дев’ять мільйонів гривень. 
На думку аудиторів Рахункової палати, визначення потреби, планування та використання бюджетних коштів Мін’юсту не у повному обсязі забезпечує ефективне управління державними ресурсами.
Аудит також засвідчив, що частка додаткових стимулюючих видів зарплати (надбавки, премії, матеріальна допомога, доплати) становила в середньому 66 відсотків. Середня заробітна плата у міністерстві 2017 року — 22 718,83 грн, за дев’ять місяців 2018 року — 31 532,77 грн.
Мін’юстом недостатньо проводиться робота із стягнення простроченої дебіторської заборгованості. Так, на балансі міністерства обліковується прострочена дебіторська заборгованість ТОВ «Глобал Юкрейн» на загальну суму 1 084,4 тис. грн, що виникла у 2004 році. За 2005-2018 роки органами державної виконавчої служби з рахунків цього боржника стягнуто на користь Мін’юсту лише 172,6 тис. грн.
Мін’юст є держателем єдиних та державних реєстрів, якому щороку (2017-2018 роки) за бюджетною програмою «Керівництво та управління у сфері юстиції» передбачаються кошти загального і спеціального фондів державного бюджету на оплату послуг із забезпечення функціонування реєстрів. Фактично за рахунок коштів вказаної бюджетної програми, а не за окремою бюджетною програмою, оплачуються послуги з підтримки забезпечення функціонування єдиних та державних реєстрів шляхом укладення договорів з ДП «Національні інформаційні системи» — єдиним адміністратором реєстрів.
Рішення та звіт Рахункової палати про результати аудита будуть оприлюднені на її офіційному веб-сайті.

Управління інформаційної політики Рахункової палати.