Судьба казацкой христианской республики, как назвал Запорожье Николай Костомаров, окончательно решилась 23 апреля 1775 года на заседании придворного совета. Инициатором уничтожения форпоста украинского казачества выступила сама императрица — казаки помогли ей выиграть русско-турецкую войну 1768—1774 годов и стали не нужны, к тому же их демократическое устройство угрожало тираническому царизму свободолюбием. Запорожцы защищали свою автономию и постоянно вступали в конфликты с гарнизонами российских крепостей, которые начали появляться на Запорожье, и активно противодействовали колонизаторской политике русского правительства.

Специальный совет при Екатерине II согласно манифесту «Об истреблении Запорожской Сечи», который начинался словами: «Мы восхотели через сие объявить во всей Нашей Империи к общему известию, что Сечь Запорожская в конец уже разрушена, со истреблением на будущее время и самого названия Запорожзких Козаков, не меньше как оскорбление Нашего Императорского Величества», разработал детальный план ликвидации Новой Сечи и ее вооруженных сил. Против «братьев-казаков» царица бросила свои регулярные части, которые возвращались по окончании русско-турецкой войны с театра боевых действий, общей численностью 100 тысяч воинов. Русские минимум в 10 раз превосходили отряд казаков, находившийся на Сечи, большая часть их к тому времени разошлась по домам и отправилась на промыслы.

По данным, которые приводит доктор исторических наук, лауреат Шевченковской премии Елена Апанович, Сечь охранял трехтысячный гарнизон с 20 небольшими пушками.

Командовал многочисленными войсками императрицы, в составе которых было 8 полков кавалерии, 10 полков пехоты, 20 гусарских эскадронов, 17 пикинерских и 13 эскадронов донского казачества, генерал-поручик Петр Текели. Левобережные запорожские паланки должен был захватить генерал-поручик Александр Прозоровский. Когда русские войска, разделенные на 5 отрядов, вступили на Запорожье, среди населения распространили слухи, что войска проходят через запорожские земли для осуществления пограничной службы.

Текели обманом окружил Сечь, а гусары и пехотный полк захватили пригород Сечи, артиллерию, блокировали гавань и флот. После этого русский генерал послал своего полковника Мисюрева к кошевому атаману Петру Калнышевскому с требованием, чтобы он прибыл к царскому уряднику. Как писала Елена Апанович, большинство казаков готовились вступить в бой. Но старшинская рада при участии духовенства решила сдать Сечь без боя — Петр Калнышевский и запорожский архимандрит Владимир Сокальский убеждали казаков, что нельзя проливать христианскую кровь. Другие, помня карательные экспедиции Петра I, резню в Батурине и Лебедине, говорили: «У нас родители и дети, москаль их вырежет!».

Сложив оружие, сечевики потеряли все — по приказу Текели были вывезены из сечевых хранилищ боеприпасы, клейноды и знамена, пушки, деньги, материальные ценности. Все здания на Сечи, кроме укреплений, разрушили, оружейную засыпали, казацкую старшину репрессировали.

В пользу «братской» России конфисковали бесценный архив, в котором хранилась вся внутренняя документация Коша Запорожской Сечи XVI—XVIII веков: универсалы, приказы, письма, статистические материалы, то есть перепись населения и имущества, реестры ущерба, нанесенного бедствиями и набегами врагов. В архиве хранилась переписка Коша с Гетманщиной, документы, подписанные Иваном Мазепой, Пилипом Орликом, Даниилом Апостолом, Кириллом Разумовским, генеральной старшиной, полковниками, а также императорские приказы и грамоты, документы польского, турецкого, крымскотатарского происхождения. Часть их сейчас находится в Петербурге.

После уничтожения Сечи царская власть провела информационную кампанию, убеждая мир в том, что казацкая вольница была уничтожена «в своїм политическом уродстве». Болью обозвалась потеря форпоста свободы и независимости среди украинцев, сложивших не одну песню о том, как «москаль Запорожжя кругом облягає, Сiчу обступає» и о том, как «москалi не дрiмали, запас одбирали, А московськiї старшiї церкву грабували: Та беруть срiбло та беруть злото, восковiї свiчі». Не только в песнях и думах, но и в художественных произведениях их авторы передают напряжение июня 1775 года, после которого Украина уже окончательно утратила свою военную мощь, свои государственные учреждения и свою церковь — перспективу национального развития. Художник Сергей Чайка на полотне «Разрушение Сечи» (на снимке) передал и дух эпохи, и суть «братства» двух народов — украинского и русского.