У практично здорових людей дисбактеріоз може бути:
   віковим;
   сезонним;
   професійним.
Лікарський дисбактеріоз виникає внаслідок прийому антибіотиків, імунодепресантів, антисекреторних, проносних засобів.
Залежно від тяжкості порушення мікрофлори, захворювання класифікують за ступенями.
Перший ступінь. Зменшується кількість і знижується активність корисної мікрофлори.
Другий ступінь. З’являються умовно-патогенні мікроорганізми.
Третій ступінь. У кишечнику виявляється велика кількість патогенних мікроорганізмів.