Причину поки що встановити не вдається — у відібраних пробах води хімічних речовин і перевищення норм забруднення не виявлено. Однак учені припускають, що причина такого кольору води — аномально тепла погода, через яку змінився колір водоростей. Це важливо, оскільки в Хаджибейському лимані триває промисел риби. Тому якщо це токсичні організми, необхідно припиняти вилов, вилучати продукцію. Морські біологи теж вважають, що причина ситуації — в аномально високій для цієї пори року температурі повітря і моря.