Долю козацької християнської республіки, як назвав Запорожжя Микола Костомаров, було остаточно вирішено 23 квітня 1775 року на засіданні придворної ради. Ініціатором знищення форпосту українського козацтва виступила сама імператриця — козаки допомогли їй виграти російсько-турецьку війну 1768—1774 років і стали непотрібні, до того ж їх демократичний лад загрожував тиранічному царату свободолюбством. Волелюбні запорожці обстоювали свою автономію й постійно вступали у конфлікти з гарнізонами російських фортець, що почали з’являтися на Запорожжі, та активно протидіяли колонізаторській політиці російського уряду.

Спеціальна рада при Катерині II відповідно до маніфесту «Об истреблении Запорожской Сечи», який починався словами: «Мы восхотели через сие объявить во всей Нашей Империи к общему известию, что Сечь Запорожская в конец уже разрушена, со истреблением на будущее время и самого названия Запорожзких Козаков, не меньше как оскорбление Нашего Императорского Величества», розробила детальний план ліквідації Нової Січі та її збройних сил. Проти «братів-козаків» цариця кинула свої регулярні частини, що поверталися по завершенні російсько-турецької війни з театру бойових дій, загальною чисельністю 100 тисяч вояків. Нападники щонайменше у 10 разів переважали загін козаків, що перебував на Січі, більша частина їх на той час розійшлася по домівках та подалася на промисли.

За даними, які наводить доктор історичних наук, лауреат Шевченківської премії Олена Апанович, Січ охороняв лише тритисячний гарнізон із 20 невеликими гарматами.

Командував численними військами імператриці, у складі яких було 8 полків кавалерії, 10 полків піхоти, 20 гусарських ескадронів, 17 пікінерських і 13 ескадронів донського козацтва, генерал-поручник Петро Текелі.

Лівобережні запорозькі паланки мав захопити генерал-поручник Олександр Прозоровський. Коли російські війська, поділені на 5 загонів, вступили на Запоріжжя, серед населення поширили чутки, що війська проходять через запорозькі землі для здійснення прикордонної служби.

Текелі підступом оточив Січ, а гусари і піхотний полк захопили січове передмістя, артилерію, блокували гавань і флот. Після цього російський генерал послав свого полковника Місюрева до кошового отамана Петра Калнишевського з вимогою, аби той прибув до царського урядника. Як писала Олена Апанович, переважна більшість козаків готувалася вступити в бій. Але старшинська рада за участі духовенства вирішила здати Січ без бою — Петро Калнишевський і запорозький архімандрит Володимир Сокальський переконували козаків, що негоже проливати християнську кров. Інші, пам’ятаючи каральні експедиції Петра I, різанину у Батурині і Лебедині, казали: «У нас є батьки та діти, москаль їх виріже!».

Склавши зброю, січовики втратили все — за наказом Текелі були вивезені з січових сховищ боєприпаси, клейноди і прапори, гармати, гроші, матеріальні цінності. Усі будівлі на Січі, крім укріплень, зруйнували, пушкарню засипали, козацьку старшину репресували.

На користь «братської» Росії було конфісковано і безцінний архів, у якому була вся внутрішня документація Коша Запорозької Січі XVI—XVIII століть: універсали, накази, листи, статистичні матеріали, тобто перепис населення і майна, реєстри збитків, заподіяних пошестями та наскоками ворогів. В архіві зберігалося і листування Коша з Гетьманщиною, документи, підписані Іваном Мазепою, Пилипом Орликом, Данилом Апостолом, Кирилом Розумовським, генеральною старшиною, полковниками, а також імператорські накази і грамоти, документи польського, турецького, кримськотатарського походження. Частина їх нині зберігається у Петербурзі.

Після знищення Січі царська влада провела інформаційну кампанію, переконуючи світ у тому, що козацька вольниця була знищена «в своїм политическом уродстве». Болем обізвалася втрата форпосту свободи і незалежності серед українців, що склали не одну пісню про те, як «москаль Запорожжя кругом облягає, Сiчу обступає» і про те, як «москалi не дрiмали, запас одбирали, А московськiї старшiї церкву грабували: Та беруть срiбло та беруть злото, восковiї свiчі». Не лише в піснях і думах, а й у художніх творах їх автори передають напруження червня 1775 року, після якого Україна вже остаточно була позбавлена власної військової сили, власних державних інституцій і власної церкви — перспективи національного розвитку. Художник Сергій Чайка на полотні «Руйнування Січі» (на знімку) передав і дух епохи, і суть «братерства» двох народів — українського та російського.