Днем народження академії вважають 13 січня 1993 року. Створення цього вищого навчального закладу обумовлено історично. Після розпаду Радянського Союзу в Україні не було вузів, які готували б національні військово-медичні кадри. Тоді на базі військових кафедр столичних закладів освіти було створено Військово-медичне відділення. 1995 року воно одержало статус академії. За десять років на її базі підготовлено майже 800 військових лікарів. Перепідготовку та підвищення кваліфікації пройшли 5 тисяч людей у білих халатах. Щороку фахівці академії проводять в середньому 1,5 тисячі хірургічних операцій, лікують і консультують більш як 4 тисячі пацієнтів.